CLOTHO使用方法

01登录、注册与开始体验

1.1登录

打开CLOTHO后进入登录页。可以选择：

• 密码登录：输入手机号和密码。
• 验证码登录：输入手机号，获取并填写短信验证码。

登录前需要阅读并同意服务条款和隐私政策。勾选“记住我（30天）”后，系统会在允许的时间内保留登录状态。获取短信验证码前，界面可能要求先完成滑块验证。如果登录状态过期，系统会返回登录页并提示重新登录。服务暂时不可用时，页面会保留登录状态并显示预计重试时间，无需反复提交。

1.2注册、申请邀请码与重置密码

在登录页切换到“注册”，按界面填写：

1. 手机号和短信验证码。
2. 密码及确认密码。密码应为8—64位，并同时包含字母和数字。
3. 单位或机构。
4. 注册邀请码。
5. 服务条款和隐私政策确认。

没有邀请码时，可以点击“申请邀请码”，提交候选手机号。加入候选名单不代表已经获得邀请码或注册资格，后续以实际通知为准。忘记密码时，点击“忘记密码”，通过手机号、短信验证码和新密码完成重置。

1.3使用云端公开数据体验

如果暂时没有自己的数据，可以使用云端数据库中的公开数据体验CLOTHO。用于体验的数据来自网上公开数据集，可用于熟悉项目创建、数据导入、分析对话、报告查看和结果下载等功能。创建项目后，进入“项目输入”，点击“添加”并选择“云数据库导入”，再从系统共享数据中选择需要的数据集。系统共享数据通常为只读；导入项目后以链接方式使用，不会修改云端源数据。

02认识当前界面

2.1桌面端整体布局

桌面端由顶栏和三个工作区域组成：

1. 顶栏：左侧为CLOTHO入口，中间显示当前项目名称；选择项目后，右侧显示“分析报告”“项目输入”“项目输出”“版本管理”。
2. 左侧栏：提供展开／收起、新建项目、项目、云数据库、联系我们和账户入口。
3. 中间区域：与CLOTHO对话，查看分析过程、执行状态和下一步建议。
4. 右侧区域：显示当前选中的报告、输入、输出或版本内容。

左侧栏默认以图标形式收起。点击最上方的侧栏按钮可展开或收起；在收起状态点击“项目”或“云数据库”也会展开对应内容。新建项目成功后，侧栏会自动收起，并打开新项目的“项目输入”。左侧栏展开后，可拖动左侧栏与聊天区之间的分隔条调整宽度；聊天区与右侧区域之间的分隔条也可左右拖动。文件树和文件预览之间的分隔条可上下拖动。

2.2项目和内容状态

项目列表中的状态符号表示：

• 黄色旋转图标：项目正在运行。
• 时钟和数字：任务正在排队，数字表示队列位置。
• 绿色圆点：项目有完成后尚未查看的新消息或结果。
• 无状态图标：项目当前空闲。

“分析报告”或“项目输出”出现绿色提示点时，表示有尚未查看的新内容。进入对应项目或标签后，提示会按界面逻辑清除。

2.3移动端

移动端底部提供七个入口：项目、数据、对话、报告、输入、输出、版本。点击即可切换对应页面。移动端同一时间只显示一个主要区域；个人资源和账户操作位于顶栏右侧。

03创建和管理项目

3.1新建项目

1. 点击左侧栏的“新建项目”图标；侧栏展开时，也可以在项目列表中点击“新建”。
2. 输入项目名称；留空时系统使用默认名称。
3. 选择Agent语言：中文或English。
4. 按需勾选“显示代码”。当前界面默认不勾选；之后仍可在报告栏切换。
5. 点击“创建”。

创建期间按钮显示“项目环境创建中”，窗口暂时不能关闭。创建完成后，系统自动进入新项目并打开“项目输入”。项目Agent语言创建后不可修改。它控制项目中的回复和报告语言，与页面按钮语言不是同一设置。如果选错，应新建项目。

3.2选择、搜索和刷新

• 点击项目名称进入项目。
• 使用项目列表顶部的搜索框按名称筛选。
• 点击刷新按钮重新加载项目及状态。
• 点击左上角CLOTHO标识可返回未选择项目的首页。

3.3重命名项目

将鼠标移到项目行，点击铅笔图标，输入新名称后保存。按Esc或点击取消可放弃修改。

3.4删除项目

将鼠标移到项目行，点击删除图标并确认。删除会清除该项目的输入、输出、聊天记录和项目历史，且不可恢复。如果项目输入链接了云数据库数据，删除项目不会删除云数据库源文件。删除前仍应下载需要长期保留的输出。

04添加与管理数据

4.1添加到项目输入

进入“项目输入”，点击“添加”，可以选择：

1. 本地上传文件：一次选择一个或多个文件。
2. 本地上传文件夹：上传整个目录并保留目录结构。
3. 云数据库导入：从云数据库选择已有数据并链接到项目输入。
4. 从已有项目导入：选择其他项目的输出文件或文件夹并链接使用。

上传过程中会显示当前文件、文件总数和进度。文件夹上传中途失败时，可重新选择同名文件夹补齐或覆盖已上传部分。

4.2在聊天中上传或引用

• 点击回形针，打开项目输入的添加窗口。
• 将图片、PDF或其他文件直接粘贴到聊天框，上传完成后会生成文件引用。
• 输入@或点击@按钮，搜索项目输入和项目输出中的文件。
• 使用上下方向键选择，按Enter或Tab确认，按Esc关闭列表。

文件引用用于明确告诉CLOTHO本轮应读取哪些文件，尤其适合项目中存在多个相似文件时使用。

4.3云数据库

进入左侧栏“云数据库”后，可以搜索、上传文件、上传文件夹、展开目录和删除个人云数据。删除云数据库目录会连同其下内容一起删除，并可能使已经导入项目的链接失效。系统共享数据通常为只读，不允许删除。

4.4链接与删除的区别

从云数据库或其他项目导入时，项目输入保存的是链接，不是独立副本：

• 来源更新后，项目可读取最新内容。
• 在“项目输入”删除链接，只会移除当前项目中的入口。
• 删除云数据库源文件或来源项目，会使相应链接失效。
• 需要长期稳定复现时，应下载关键结果和必要的输入留档。

4.5从项目输入删除

在“项目输入”中，将鼠标移到文件或目录旁点击删除。普通上传文件会被删除；链接只会解除，不影响源数据。“项目输出”主要用于查看和下载，不提供相同的删除入口。

05发起分析对话

5.1发送、换行与停止

• Ctrl／Cmd+Enter：发送消息。
• Enter：换行。
• 点击发送按钮：发送当前文字和文件引用。
• 点击停止按钮：停止正在执行的任务。
• 任务排队时，停止按钮用于取消排队。

如果连接已经断开，消息不会发送，输入内容会保留。应等待重新连接后再次发送。

5.2调用历史问题和保存草稿

当光标位于输入框开头或结尾时，按上下方向键可浏览本项目最近发送的问题。浏览历史前尚未发送的内容会暂存，回到最新位置时恢复。切换项目时，尚未发送的草稿会按项目分别保留；切回项目后恢复。

5.3下一步建议

一轮工作完成且项目空闲后，输入框上方可能显示最多4个下一步建议。点击建议会直接作为新的用户消息发送；也可以忽略建议并输入自己的要求。当前账户版界面不提供模型档位切换，因此普通用户无需在发送前选择模型。

5.4分步确认与直接完成

• 希望控制关键选择时，可以说：“关键质控和方法选择处先停下让我确认。”
• 希望减少交互时，可以说：“一口气运行到完整报告；只有科学完整性问题才停下。”

无论采用哪种方式，缺失关键数据、输入冲突、环境不可用或科学上无法继续时，CLOTHO都应停止并说明原因。

06跟踪任务与处理异常

6.1查看执行过程

项目运行时，对话中会优先显示当前动作，例如“正在执行命令”“正在运行notebook”“正在编辑notebook”或“正在构建环境”，并显示已耗时秒数。工具完成后，对应记录会变为完成或错误状态。可以离开正在运行的项目查看其他项目。任务完成后，项目列表、分析报告或项目输出会出现未读提示。

6.2重连与关闭页面

出现“重连agent中”时，服务端任务仍会继续运行，关闭页面不会中断已经开始的执行。重新打开并恢复连接后，再检查对话、报告和项目输出。不要在重连期间反复发送同一要求。离线发送不会生效，输入内容会保留，连接恢复后再发送即可。

6.3任务未能开始

界面会根据原因给出明确提示：

• 已达到并行任务上限：等待已有任务完成，或取消排队任务。
• 当前使用人数较多：稍后再试。
• 存储空间已满：删除不需要的文件或升级套餐后重试。
• 可用额度不足：充值或等待每日额度重置。
• 存在待结算消耗：进入账户页处理后重试。
• 账号正在释放上一会话：稍后重新登录或重试。
• 登录状态过期：重新登录后再试。
• 账号被禁用：联系管理员或支持人员。

6.4资源压力提示

如果出现内存压力提示或工具进程被停止：

1. 先检查报告和项目输出中已经生成的结果。
2. 确认是否存在完整、可继续使用的中间文件。
3. 缩小批次、降低并行度或拆分任务后重试。
4. 不要在未核实完整性的情况下直接引用部分结果。

07查看和修改分析报告

7.1打开报告

选择项目后点击顶栏“分析报告”。报告会随分析推进更新；正在生成的图、表或综合解读会显示工作状态。报告有新内容时，标签出现绿色提示点。

7.2显示或隐藏代码

点击报告栏“显示代码／隐藏代码”切换分析代码。该选项只影响阅读方式，不改变结果。新建项目时“显示代码”默认关闭；完整Notebook仍用于保留可交付代码和结果。

7.3添加评论

当前任务结束后，将鼠标移动到报告的段落、标题、列表、代码、表格或图表附近：

1. 点击左侧出现的“＋”。
2. 输入希望修改的内容。
3. 点击“增加评论”。

每个报告内容块只保留一条活动评论。点击黄色评论气泡可编辑、清空或删除。

7.4一次提交多条评论

可以在报告多个位置分别添加评论。页面底部显示“将N条评论发送给AI”后：

1. 确认所有评论已写完。
2. 点击提交按钮。
3. 多条评论合并为一个修改回合。
4. CLOTHO逐条修改相应内容，必要时重新运行相关步骤。
5. 成功后评论结束；失败或取消时评论重新打开，可再次提交。

当前对话仍在运行时不能提交评论，应等待本轮结束。

7.5查看修改位置

报告右侧的改动轨道标记相对上一版本新增或修改的内容。点击标记可跳转到对应位置。它只用于定位变化，结果仍需结合评论要求和分析指标复核。

08预览文件与编辑图表

8.1预览项目文件

进入“项目输入”或“项目输出”，点击文件后，下方预览区显示内容。可拖动分隔条调整文件树与预览高度。常见可预览格式包括：

• 图片：PNG、JPG、JPEG、GIF、SVG、WebP。
• 文档：PDF、HTML、Markdown。
• 表格：CSV、TSV、Parquet、VCF、BED、GFF、GFF3、GTF。
• 序列：FASTA、FA、FAA、FNA。
• 结构：PDB、ENT、CIF、mmCIF。
• 代码和文本：Python、R、Shell、JavaScript、TypeScript、YAML、TOML、JSON、TXT、LOG。

不支持在线预览或文件过大时，可以下载查看。

8.2表格与序列预览

• 搜索列名或单元格内容并查看匹配数量。
• 输入行号跳转。
• 点击“展开查看全部”打开较大的预览。
• FASTA按记录显示标题和序列。
• 预览被截断时，下载完整文件。

8.3三维结构与交互内容

PDB、mmCIF等结构文件会使用三维查看器打开，可旋转、缩放和检查结构。Plotly图可打开大图并缩放、平移和重置。HTML交互报告在隔离预览中打开，PDF使用浏览器内置查看器。

8.4编辑交互图

点击Plotly图旁“编辑图表”，可以调整字体、画布、标题、坐标轴、图例、色阶、边距、显示范围和网格线。点击“保存”会更新当前项目中的交互图规格和报告显示；点击“下载图片”可导出PNG。历史版本报告只读，不能直接编辑其中的图表。

09回退、分支与报告比较

9.1回退到历史消息

将鼠标移到历史用户消息，点击回退图标并确认。系统会回到该消息之前的对话和可版本化输出，之后可以提出新的要求。当前任务正在运行时也可以发起回退，但确认窗口会明确提示：回退将立即中断当前任务。连接未建立或消息仍在同步时，回退不可用。

9.2回退后的分支

原来的后续对话不会立即丢失，而是保留为另一个分支。新问题从回退位置形成新分支，便于比较不同分析方向。项目输入和报告评论不随回退改变。特别大的FASTQ、BAM等文件可能不纳入版本恢复，需要重新运行相应步骤。

9.3版本管理

进入“版本管理”可以：

• 查看对话分支图。
• 选择节点查看问题、时间和状态。
• 查看交付物的新增、修改和删除差异。
• 切换到某个已完成版本。
• 识别当前对话分支。

正在运行时不能切换到其他版本，应等待完成或停止当前任务。版本历史需要修复时，界面会提示重试或联系管理员；聊天仍可继续。

9.4报告比较

1. 在版本管理中点击“报告比较”。
2. 勾选至少两个有报告的版本。
3. 再次点击“报告比较”。
4. 中间区域会并排展示各版本报告。
5. 点击关闭返回正常对话。

历史版本报告为只读，图表不会打开当前版本的编辑窗口。

10下载和交付成果

10.1从报告栏下载

• 下载DOCX：生成适合传阅和二次编辑的分析报告。
• 下载Notebook：生成包含可交付代码、图表和结果的完整Notebook。

DOCX和Notebook按需生成，不一定事先作为普通文件出现在项目输出中。

10.2选择项目输出打包

1. 进入“项目输出”。
2. 点击“下载”。
3. 勾选需要的文件或文件夹，或点击全选。
4. 按需勾选“同时下载分析报告DOCX”和“同时下载完整Notebook”。
5. 点击下载并等待打包完成。

系统生成以项目名称命名的ZIP包。超大项目打包需要一定时间，不要在进度未完成时反复点击。

10.3建议保留的归档

• 最终DOCX报告。
• 完整Notebook。
• 关键图、表和候选列表。
• 样本信息、参数说明和参考版本。
• 需要长期复现的大型中间文件或其生成说明。

11账户、会员与个人资源

11.1打开账户菜单

桌面端在左侧栏底部点击“账户”；移动端使用顶栏右侧账户入口。账户菜单提供：

• “我的资源”：当前账户的内存、CPU、运行／排队任务及任务上限。
• 存储空间：已用容量和总容量。
• 可用余额：当前可用于任务的credit。
• “账户和会员”、修改密码、退出登录。

这些数字反映当前账户状态和套餐上限，不代表永久预留的独占资源。

11.2账户和会员中心

点击“账户和会员”可查看：

• 账户信息：昵称、手机号、单位或机构和注册时间。
• 当前套餐、有效期、每日额度和可用余额。
• 存储用量及上限。
• 账号安全：修改密码和换绑手机号。
• 联系支持，以及私有化部署、更大内存、硬盘、GPU和更多并行任务等需求入口。

11.3购买会员或按量额度

“会员档”显示当前可购买的套餐、每日额度、存储空间、原价和优惠价；“按量credit”用于单独购买长期有效的额度。选择产品后，先核对套餐变化、有效期、价格、抵扣、实付金额和报价有效期，再确认支付。支付方式以界面实际显示为准，可包括微信支付和支付宝。报价超时、支付单关闭或状态异常时，应返回账户中心重新获取报价，不要重复付款。如果账户存在待结算消耗，新到账额度会先抵扣相应消耗。购买前应阅读确认页中的账期、退款和履约提示。

11.4修改密码、换绑手机号与退出

修改密码时输入当前密码、新密码和确认密码。换绑手机号时，需要分别验证当前手机号和新手机号。点击“退出登录”会清除本地登录状态并返回登录页。出现“登录已失效”时重新登录；出现“账号已被停用”时联系管理员或支持人员。

11.5联系我们

桌面端左侧栏底部有独立的“联系我们”入口；账户中心也可打开相同窗口。窗口显示联系人、电话、邮箱和微信等当前可用方式。

11.6邀请试用模式

部分部署仍可能通过邀请链接提供临时试用。试用会话结束后，应通过邀请链接重新进入。试用结束前应及时下载需要保留的结果。

12常见问题与故障处理

12.1无法登录、注册或获取验证码

检查手机号、密码和验证码是否正确，是否已同意条款，以及是否完成滑块验证。验证码过期、请求过频或达到当日上限时，应等待后重试。邀请码无效时，可返回登录页申请邀请码。

12.2项目一直显示“项目环境创建中”

创建环境时不要关闭创建窗口。若长时间没有完成并出现错误，记录错误内容后重试；不要连续创建多个同名项目。

12.3报告为空

• 确认已选择正确项目。
• 查看任务是否仍在排队或运行。
• 检查对话是否报告输入、额度、存储或环境错误。
• 点击报告或项目输出的刷新按钮。

12.4文件没有出现在输入中

• 等待上传进度结束并点击刷新。
• 检查文件夹上传是否被浏览器支持。
• 重新选择同名文件夹补齐失败上传。
• 检查云数据库源文件或来源项目是否已被删除。

12.5任务一直排队或被拒绝

项目列表中的时钟和数字表示队列位置。可以等待前面的任务完成，或点击停止取消排队。若提示任务上限、额度不足、存储已满或账号状态异常，应按提示处理后再发送。

12.6页面正在重连

已经开始的服务端任务会继续运行。等待连接恢复，不要重复发送；重新连接后检查对话、报告和项目输出。

12.7提交评论按钮不可用

当前分析仍在运行，或评论正在提交。等待本轮结束后再试。一个内容块已有评论时，应点击黄色气泡编辑，而不是新增第二条活动评论。

12.8不能回退或切换版本

回退不可用通常是连接未建立或消息仍在同步。运行中回退会中断当前任务，需要在确认窗口中明确同意。切换到其他版本则必须等待当前任务完成或先停止任务。

12.9存储空间已满

先下载需要保留的结果，再删除不需要的项目或云数据库文件；也可以在账户中心升级套餐。存储超限时，新任务可能无法开始。

12.10DOCX下载失败

交互式Plotly图需要在浏览器中转换为静态图片后写入DOCX。保持页面连接后重试；若仍失败，可先下载Notebook和结果文件，并记录界面错误信息。

13快速操作卡

最短上手流程

登录或注册→新建项目并选择Agent语言→等待项目环境创建→进入项目输入点击“添加”→上传数据或导入公开数据→在对话中说明数据、分组和问题→查看执行状态与报告→在具体内容旁添加评论→必要时回退或比较版本→下载DOCX、Notebook或自选ZIP。

推荐首条消息模板

我上传了【数据文件】和【样本信息表】。数据是【物种／组学类型／处理阶段】，主要分组是【分组】，批次／协变量是【信息】，希望回答【科学问题】。请先检查文件和实验设计，给出分析方案；【关键节点停下确认／一口气完成】。报告使用【中文／英文】，重点交付【图、表或候选列表】。

常用快捷方式

• Ctrl／Cmd+Enter：发送。
• Enter：换行。
• @：引用项目文件。
• 上下方向键：选择文件或调出历史问题。
• Esc：关闭选择框或取消编辑。